據統計數字，上海生物醫藥產業保持了年均15%的增幅，產業規模呈現平穩增長態勢。2008年全行業實現經濟總量1034.6億元，增長15.8%。上海市已經培育了頭孢曲松鈉、痰熱清和麝香保心丸等45只年銷售額超過億元的拳頭產品，以及益賽普、丹參多酚酸鹽等一批創新產品，成為生物醫藥產業新的經濟增長點。

　　同時，基因組學、蛋白質組學、生物芯片、干細胞與組織工程等一系列技術的突破，以及經濟和科技全球化加快了生物醫藥產業在全球范圍內轉移的步伐，上海在承接國際產業轉移和服務外包方面具有區位、人才和先發優勢，為上海生物醫藥產業發展提供了新的契機。

　　但上海的生物醫藥也面臨巨大挑戰。金融危機造成了市場資金緊張，影響了企業規模擴大和新產品投產。國外制藥巨頭對中國原料藥采購下降，跨國公司的兼并收購加快，在一定程度上影響了其在華業務的重組和發展，這給外向度較高的上海生物醫藥產業帶來了挑戰。同時，上海的土地、商務和勞動力成本較高，客觀上要求上海的生物醫藥產業發展必須集聚資源，突出重點，發揮優勢，堅持創新集聚和高水平的發展。

　　另一方面，上海周邊的昆山、蘇州、杭州等地也相繼加大對生物醫藥產業的投資力度和政策優惠力度，這對上海的生物醫藥產業形成了競爭和分流態勢。

　　為了加快推進上海生物醫藥產業的發展，根據《計劃》，上海將堅持生產制造、商業和服務外包三業并舉”，重點發展生產制造業，積極做大醫藥商業，著力培育服務外包業。同時對接國家重大專項，以促進創新成果產業化為核心，突破一批具有重大支撐和引領作用的關鍵技術，實現重點領域跨越發展。此外，還將發揮市場優化配置資源的基礎性作用和政府對生物醫藥產業的政策引導作用，加快機制創新和優化重組，營造良好的產業發展環境。

　　《計劃》透露，上海生物醫藥產業發展的總體目標是到2012年底，使上海生物醫藥產業實現3211”的發展目標，即把上海初步建成國內生物醫藥的創新產品制造中心、商業中心和研發中心，使行業經濟總量達到2000億元，扶持100家年產值超過2億元的創新型企業，打造100個銷售額超過億元、科技含量高的拳頭產品。

　　上海還將形成產業基地優勢互補、錯位發展的布局。以現有的上海國家生物產業基地規劃為基礎，上海將在浦東張江藥谷重點發展生物制品、藥物新制劑、高端醫療器械的創新研發、生產和服務外包，在閔行重點發展生物制品、藥物制劑、醫療器械、動物疫苗的研發和生產制造，在徐匯建設重點發展臨床研究、服務外包（CRO）、技術服務，以及生物制品、診斷試劑和醫療器械制造業基地，奉賢產業基地將重點發展藥物制劑、現代中藥、生物制品和高端化學原料藥制造業，金山產業基地將重點發展高端化學原料藥、藥物制劑、醫療器械、醫用包裝材料制造業，青浦將建設現代中藥、藥物制劑、保健品、醫藥包裝材料制造業基地，這6個產業基地將構成優勢互補、錯位發展、各具特色的生物醫藥產業布局。

　　《計劃》還透露，上海將重點發展生物醫藥制造業，發展高端化學藥物、生物制品和現代中藥，選擇發展低污染、低能耗和高附加值配套原料藥和醫用材料。積極推進醫療器械、診斷試劑產業發展。積極做大、做強醫藥商業，重點推動醫藥批發業的整合重組，建立立足長三角，面向全國的大型醫藥分銷體系；發展大型醫藥零售連鎖業，推動城鎮社區和農村地區的醫藥供應網絡建設；發展醫藥新型流通業態，加快醫藥物流配送體系和電子商務發展，使上海成為國內最大的醫藥商業集散地。著力培育生物醫藥服務外包業，聚焦國家戰略和產業需求，堅持仿創結合、以創為主”的發展策略，不斷增強自主創新能力。

　　此外，上海還將積極推動重點項目建設，例如創新成果的本地產業化項目、重點產品的工藝創新與改進項目以及生產、物流基地改擴建項目等。并通過資金支持、政策扶持以及推動體制機制創新等，來營造產業發展的良好環境，推動生物醫藥產業發展。